Répertoire du corps professoral

Mitochondrial mArkers To Characterize Heterogeneity in SLE (MATCH-SLE) (Planning grant)
Programme: 2025 Global team science award
Organisme(s) subventionnaire(s): Lupus Research Alliance
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 décembre 2024 au 28 février 2025

Role of polySia in cancer immune evasion
Programme: Réseau de centres d'excellence (RCE)
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat Inter-Conseils (Canada) (CRSH, CRSNG, IRSC)
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Alberta
Du 1 septembre 2024 au 31 août 2026

Unité de recherche régionale en télésanté périnatale
Programme: Fonds des leaders John-R.-Evans (FLJR)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La), Ministère de la Santé et des Services sociaux
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 septembre 2024 au 31 août 2025

Graph-based Natural Language Querying of Integrated Biological Knowledge Databases (KibioAI)
Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2024 au 31 mars 2029

The interplay of sex hormones and chromosomes dictates pathogenicity in progressive CNS autoimmunity
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2024 au 31 mars 2029

Characterization of novel breast cancer susceptibility genes through large-scale targeted sequencing and functional assays.
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2024 au 31 mars 2029

National Primate Center for Pandemic Preparedness (NPCPP)
Programme: Fonds d'infrastructure de recherche en sciences biologiques (FIRSB)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La), Ministère de l'Économie et de l'Innovation et de l'énergie, Ministère de l'Enseignement supérieur
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2024 au 31 mars 2028

Caractérisation de nouveaux gènes de susceptibilité au cancer du sein
Programme: Programme de soutien aux organismes de recherche et d’innovation (PSO) - International
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'Économie et de l'Innovation et de l'énergie, Fondation du CHU de Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 15 février 2024 au 31 mars 2027

Biomarkers for prediction of venous thrombo-embolism in children with cancer
Programme: Subvention en recherche clinique (PRCE)
Organisme(s) subventionnaire(s): CHU de Québec – Université Laval – CHUL
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 23 janvier 2024 au 31 décembre 2024

MICROB-AI-R+, a new proteomics and AI-based technology for the detection of resistant pathogens in Urinary Tract Infections
Programme: Solutions génomiques pour l’identification, la caractérisation et la surveillance de la résistance aux antimicrobiens et des pathogènes émergents
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2023 au 30 septembre 2025

Regenerative and Sustainable Agriculture for Climate Change Adaptation and Carbon Sequestration: Rebuilding Soil Health and Increasing Crop Productivity of Canadian Potato Production Systems
Programme: Programme Agri-innover
Organisme(s) subventionnaire(s): Producteurs de fruits et légumes du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au 31 mars 2028

Role of megakaryocytes in Systemic Lupus Erythematosus
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2023 au 31 mars 2028

Personalized ultra-fast detection and treatment of resistant microbial infections
Programme: Nouvelles frontières en recherche
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Guelph
Du 31 mars 2023 au 30 mars 2025

Développement de nouvelles connaissances sur les cibles biologiques du 2-hexénal en vue de son utilisation comme bioherbicide
Programme: Programme NOVA- FRQNT-CRSNG pour chercheurs et chercheuses de la relève
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université du Québec à Trois-Rivières - UQTR
Du 15 mars 2023 au 14 mars 2026

Développement de solutions diagnostiques pour les troubles neurodéveloppementaux causés par un dysfonctionnement du système Ubiquitine-Protéasome
Programme: Appel à Projet transnationaux dans le cadre du Programme conjoint Européen sur les maladies rares (EJP RD - JTC 2022)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 février 2023 au 31 janvier 2026

Développement de nouvelles approches immunothérapeutiques dirigées contre des néoantigènes dérivés de gènes de fusion pour le traitement de la leucémie aiguë pédiatrique
Programme: SynergiQc
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé, Consortium québécois sur la découverte du médicament, CHU Sainte-Justine, Biotechnologies Neomabs Inc., Société canadienne du cancer
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Montréal
Du 15 juin 2022 au 14 juin 2025

Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des micro-organismes dans le lait
Programme: Innov'Action volet 1
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 24 mars 2022 au 30 avril 2025

L’AIMZ-938, un nouveau promédicament anticancéreux pour le traitement des cancers du sein humain réfractaires aux traitements actuels et exprimant le cytochrome P450 1A1
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2021 au 30 septembre 2026

Prevention of the immunopathology induced by SARS-CoV-2
Programme: Subvention de fonctionnement : Possibilité de financement sur les nouveaux besoins prioritaires en recherche sur la COVID-19
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juin 2021 au 31 mars 2025

Covid-19 effects on ARTErial StIffness and vascular AgiNg (CARTESIAN) study- Canada
Programme: Subvention de fonctionnement : Possibilité de financement sur les nouveaux besoins prioritaires en recherche sur la COVID-19
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juin 2021 au 31 mars 2025

Therapeutic approach to preserve Tfh cells and improve B cell immunity in simian immunodeficiency virus infected rhesus macaques
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au 31 mars 2026

Outil d'intelligence artificielle pour l'identification rapide et précise des bactéries pathogènes chez les animaux et/ou chez l'humain dans le lait et les produits laitiers
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au 31 mars 2025

Delineation of the epigenomic principles underlying microglial transcriptional and cellular activity in chronic neurodegenerative diseases
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2020 au 31 mars 2025

Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique
Programme: Appel à propositions : création d’un Observatoire international sur les impacts sociétaux de l’intelligence artificielle et du numérique
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Société et culture, Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au 31 mars 2025

Personalized Risk Assesment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer : Integration and Implementation (PERSPECTIVE II)
Programme: Projets de recherche appliquée à grande échelle - Large-Scale Applied Research Project
Organisme(s) subventionnaire(s): Regroupement de compagnies et corporations canadiennes, Fondation du CHU de Québec, Génome Québec, Ministère de la santé (Ontario), Ministère de l'Économie, de la Science et de l'Innovation, Instituts de recherche en santé du Canada, Fondation du cancer du sein du Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 novembre 2017 au 30 septembre 2025

Chaire de recherche et d'innovation l'Oréal en biologie numérique
Programme: Chaire de recherche en partenariat
Organisme(s) subventionnaire(s): L'Oréal
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 16 mai 2016 au 15 mai 2026

Financements des 2 dernières années

Influence de l’environnement leucémique dans le développement d’évènements thrombotiques chez les enfants atteints de leucémie lymphoblastique aigue traités dans l’essai thérapeutique international prospectif DFCI 16-001
Programme: Subvention de fonctionnement FRQS
Organisme(s) subventionnaire(s): CHU de Québec – Université Laval – CHUL
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 21 février 2023 au 31 mars 2024

Développement de stratégies d'apprentissage automatisées pour déterminer les phénogroupes, la progression et les issues cliniques de la sténose valvulaire aortique
Programme: Programme bilatéral de recherche collaborative France-Québec L'ntelligence Artificielle en santé
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 6 décembre 2022 au 30 septembre 2024

Nouvelle approche intégrative de génomique du microbiome pour des luzernières plus durables
Programme: Programme d’intégration de la génomique
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2022 au 30 juin 2024

Artificial intelligence tool for fast and accurate identification of mastitis pathogenic and spoilage microorganisms in milk
Programme: 50e Appel de projets - spécial CRIBIQ-Novalait
Organisme(s) subventionnaire(s): Novalait inc., Consortium de recherche et innovations en bioprocédés industriels au Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2022 au 31 mars 2024

Development of high accuracy models for MICROB-AI, a new generation of diagnosis test for UTI
Programme: Programme d’intégration de la génomique
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2021 au 30 juin 2024

Une infrastructure IA multi-usagers clé en main pour gérer le cycle de vie complet des données en santé
Programme: BDR - Cas spéciaux et obligations institutionnelles
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au 30 juin 2024

Caractérisation de la structure 3D et de la coloration des perles chez Pinctada sp. par analyse d’image.
Organisme(s) subventionnaire(s): Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2021 au 30 juin 2024

Influence of hyperglycemia on the host-microbiome interactions during subgingival microbiome dysbiosis
Programme: National Call for projects – Canada
Organisme(s) subventionnaire(s): Biocodex Microbiota Foundation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 11 décembre 2020 au 10 juin 2023

Caribou Genomics : a National Non-Invasive Monitoring Approach for an Iconic and Model Species-at-Risk
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Environnement Canada et Changement Climatique, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Trent University
Du 1 octobre 2020 au 30 septembre 2023

Dévelooppement d'algorithmes d'interprétation de modèles d'apprentissage profond pour la découverte de biomarqueurs
Programme: Nouvelles collaborations de recherche
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds France Canada pour la recherche
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2020 au 31 mai 2024

Leveraging the impact of diversity in neurodevelopmental disability by integrating machine learning in personalized interventions
Programme: Canada-UK Artificial Intelligence Initiative
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: University of Alberta
Du 1 février 2020 au 30 septembre 2024

Utilisation du séquençage à haut débit pour l’identification d’organismes pathogènes des plantes
Programme: Prime-Vert : Programme de soutien financier
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Institut de recherche et de développement en agroenvironnement
Du 1 août 2019 au 31 août 2023

Nouvelle approche moléculaire pour la détection simultanée des virus pathogènes aux framboisiers et aux fraisiers
Programme: Prime-Vert : Programme de soutien financier
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'agriculture, des pêcheries et de l'alimentation
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Institut de recherche et de développement en agroenvironnement
Du 1 août 2019 au 31 août 2023

Cellular mechanisms regulating the pathogenesis of secondary progressive CNS autoimmunity
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2018 au 31 mars 2023

Identifying novel molecular insights from life science massive data
Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Secrétariat Inter-Conseils (Canada) (CRSH, CRSNG, IRSC)
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au 31 mars 2024

Use of genomics to manage and protect caribou populations
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Managium, Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au 31 décembre 2022

Father's lasting influence: Molecular foundations of intergenerational transmission of the paternal environment
Programme: Subvention d'équipe : La santé des garçons et des hommes
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 novembre 2014 au 31 mars 2023

Encadrements terminés dans les 5 dernières années

Loïc Mangnier, Doctorat en biostatistique

Antoine Lacombe, Maîtrise en médecine moléculaire - avec mémoire

Louis Ohl, Doctorat en médecine moléculaire

Paul-Emmanuel Edeline, Doctorat en médecine moléculaire

Khawla Seddiki, Doctorat en médecine moléculaire

Antoine Bodein, Doctorat en médecine moléculaire

Régis Ongaro-Carcy, Doctorat en médecine moléculaire

Benjamin Vittrant, Doctorat en médecine moléculaire

Louis Cossus, Doctorat en médecine moléculaire

Andréanne Gagné, Doctorat en sciences cliniques et biomédicales

Roxanne Sergerie, Maîtrise en sciences pharmaceutiques - avec mémoire

Publications des 5 dernières années

ProPickML: Advancing Clinical Diagnostics with Automated Peak Picking in Label-Free Targeted Proteomics Journal of Proteome Research, 2024/12/07. Elloise Coyle, Mickaël Leclercq, Clarisse Gotti, Florence Roux-Dalvai, Arnaud Droit. DOI 10.1021/acs.jproteome.4c00689

Identification of miR-141 as a Regulator of Epidermal Homeostasis Journal of Investigative Dermatology, 2024/11. Diane-Lore Vieu, Christelle Golebiewski, Cécile Gastaldi, Aude Foucher, Bernard Mari, Roger Rezzonico, Arnaud Droit, Martine Dumont, Philippe Bastien, Françoise Bernerd, Claire Marionnet. DOI 10.1016/j.jid.2024.10.613

ARL13B controls male reproductive tract physiology through primary and Motile Cilia Communications Biology, 2024/10/14. Céline Augière, Gabriel Campolina-Silva, Aaran Vijayakumaran, Odara Medagedara, Camille Lavoie-Ouellet, Charles Joly Beauparlant, Arnaud Droit, Ferran Barrachina, Kiera Ottino, Maria Agustina Battistone, Kedar Narayan, Rex Hess, Vito Mennella, Clémence Belleannée. DOI 10.1038/s42003-024-07030-7

Optimizing hybrid ensemble feature selection strategies for transcriptomic biomarker discovery in complex diseases NAR Genomics and Bioinformatics, 2024/07/02. Elsa Claude, Mickaël Leclercq, Patricia Thébault, Arnaud Droit, Raluca Uricaru. DOI 10.1093/nargab/lqae079

A Machine Learning Approach to Identify Key Residues Involved in Protein–Protein Interactions Exemplified with SARS-CoV-2 Variants International Journal of Molecular Sciences, 2024/06/13. Léopold Quitté, Mickael Leclercq, Julien Prunier, Marie-Pier Scott-Boyer, Gautier Moroy, Arnaud Droit. DOI 10.3390/ijms25126535

BioDiscViz: A visualization support and consensus signature selector for BioDiscML results PLOS ONE, 2023/11/30. Sophiane Bouirdene, Mickael Leclercq, Léopold Quitté, Steve Bilodeau, Arnaud Droit. DOI 10.1371/journal.pone.0294750

ASVmaker: A New Tool to Improve Taxonomic Identifications for Amplicon Sequencing Data Plants, 2023/10/25. Clément Plessis, Thomas Jeanne, Antoine Dionne, Julien Vivancos, Arnaud Droit, Richard Hogue. DOI 10.3390/plants12213678

Use of Elasticsearch based Business Intelligence tools for integration and visualization of biological data 2023/09/15. Marie-Pier Scott-Boyer, Pascal Dufour, Clement Plessis, Olivier Perin, Arnaud Droit, Regis Ongaro-Carcy, Francois Belleau. DOI 10.1093/bib/bbad348

Early Diagnosis: End-to-End CNN–LSTM Models for Mass Spectrometry Data Classification Analytical Chemistry, 2023/09/12. Khawla Seddiki, Fŕed́eric Precioso, Melissa Sanabria, Michel Salzet, Isabelle Fournier, Arnaud Droit. DOI 10.1021/acs.analchem.3c00613

Early ART reduces viral seeding and innate immunity in liver and lungs of SIV-infected macaques JCI Insight, 2023/07/24. Julien A. Clain, Henintsoa Rabezanahary, Gina Racine, Steven Boutrais, Calaiselvy Soundaramourty, Charles Joly Beauparlant, Mohammad-Ali Jenabian, Arnaud Droit, Petronela Ancuta, Ouafa Zghidi-Abouzid, Jérôme Estaquier. DOI 10.1172/jci.insight.167856

Enhancing Classification of liquid chromatography mass spectrometry data with Batch Effect Removal Neural Networks (BERNN) 2023/07/06. Arnaud Droit, Simon Pelletier, Mickaël Leclerq, Florence Roux-Dalvai, Matthijs de Geus, Shannon Leslie, Weiwei Wang, TuKiet Lam, Angus Nairn, Steven Arnold, Becky Carlyle, Frederic Precioso. DOI 10.21203/rs.3.rs-3112514/v1

Long-term Memory Testing in Children With Typical Development and Neurodevelopmental Disorders: Remote Web-based Image Task Feasibility Study JMIR Pediatrics and Parenting, 2023/05/08. Truong An Bui, Cory Scott Rosenfelt, Kerri Hope Whitlock, Mickael Leclercq, Savannah Weber, Arnaud Droit, Sandra A Wiebe, Jacqueline Pei, Francois V Bolduc. DOI 10.2196/39720

Resolving the temporal splenic proteome during fungal infection for discovery of putative dual perspective biomarker signatures 2023/04/08. Benjamin Muselius, Florence Roux-Dalvai, Arnaud Droit, Jennifer Geddes-McAlister. DOI 10.1101/2023.04.08.535756

BioDiscViz : a visualization support and consensus signature selector for BioDiscML results 2022/10/07. Sophiane Bouirdene, Mickael Leclercq, Léopold Quitté, Steve Bilodeau, Arnaud Droit. DOI 10.1101/2022.10.07.511250

New Developments and Possibilities in Reanalysis and Reinterpretation of Whole Exome Sequencing Datasets for Unsolved Rare Diseases Using Machine Learning Approaches International Journal of Molecular Sciences, 2022/06/18. Samarth Thonta Setty, Marie-Pier Scott-Boyer, Tania Cuppens, Arnaud Droit. DOI 10.3390/ijms23126792

Long-term Memory Testing in Children With Typical Development and Neurodevelopmental Disorders: Remote Web-based Image Task Feasibility Study (Preprint) 2022/05/20. Truong An Bui, Cory Scott Rosenfelt, Kerri Hope Whitlock, Mickael Leclercq, Savannah Weber, Arnaud Droit, Sandra A Wiebe, Jacqueline Pei, Francois V Bolduc. DOI 10.2196/preprints.39720

Cis-regulatory hubs: a new 3D model of complex disease genetics with an application to schizophrenia Life Science Alliance, 2022/05. Loïc Mangnier, Charles Joly-Beauparlant, Arnaud Droit, Steve Bilodeau, Alexandre Bureau. DOI 10.26508/lsa.202101156

DIA proteomics data from a UPS1-spiked E.coli protein mixture processed with six software tools Data in Brief, 2022/04. Clarisse Gotti, Florence Roux-Dalvai, Charles Joly-Beauparlant, Loïc Mangnier, Mickaël Leclercq, Arnaud Droit. DOI 10.1016/j.dib.2022.107829

Interpretation of network-based integration from multi-omics longitudinal data Nucleic Acids Research, 2022/03/21. Antoine Bodein, Marie-Pier Scott-Boyer, Olivier Perin, Kim-Anh Lê Cao, Arnaud Droit. DOI 10.1093/nar/gkab1200

CNVs with adaptive potential in Rangifer tarandus: genome architecture and new annotated assembly Life Science Alliance, 2022/03. Julien Prunier, Alexandra Carrier, Isabelle Gilbert, William Poisson, Vicky Albert, Joëlle Taillon, Vincent Bourret, Steeve D Côté, Arnaud Droit, Claude Robert. DOI 10.26508/lsa.202101207

timeOmics: an R package for longitudinal multi-omics data integration Bioinformatics, 2022/01/03. Antoine Bodein, Marie-Pier Scott-Boyer, Olivier Perin, Kim-Anh Lê Cao, Arnaud Droit. DOI 10.1093/bioinformatics/btab664

Vitamin C Differentially Impacts the Serum Proteome Profile in Female and Male Mice Journal of Proteome Research, 2021/11/05. Lucie Aumailley, Sylvie Bourassa, Clarisse Gotti, Arnaud Droit, Michel Lebel. DOI 10.1021/acs.jproteome.1c00542

Proteomic Analysis of Maternal Urine for the Early Detection of Preeclampsia and Fetal Growth Restriction Journal of Clinical Medicine, 2021/10/13. Emmanuel Bujold, Alexandre Fillion, Florence Roux-Dalvai, Marie Pier Scott-Boyer, Yves Giguère, Jean-Claude Forest, Clarisse Gotti, Geneviève Laforest, Paul Guerby, Arnaud Droit. DOI 10.3390/jcm10204679

Extensive and Accurate Benchmarking of DIA Acquisition Methods and Software Tools Using a Complex Proteomic Standard Journal of Proteome Research, 2021/10/01. Clarisse Gotti, Florence Roux-Dalvai, Charles Joly-Beauparlant, Loïc Mangnier, Mickaël Leclercq, Arnaud Droit. DOI 10.1021/acs.jproteome.1c00490

KibioR & Kibio: a new architecture for next-generation data querying and sharing in big biology Bioinformatics, 2021/09/09. Régis Ongaro-Carcy, Marie-Pier Scott-Boyer, Adrien Dessemond, François Belleau, Mickael Leclercq, Olivier Périn, Arnaud Droit. DOI 10.1093/bioinformatics/btab157

Personalized Risk Assessment for Prevention and Early Detection of Breast Cancer: Integration and Implementation (PERSPECTIVE I&I) Journal of Personalized Medicine, 2021/06/04. Jennifer Brooks, Hermann Nabi, Irene Andrulis, Antonis Antoniou, Jocelyne Chiquette, Philippe Després, Peter Devilee, Michel Dorval, Arnaud Droit, Douglas Easton, Andrea Eisen, Laurence Eloy, Samantha Fienberg, David Goldgar, Eric Hahnen, Yann Joly, Bartha Knoppers, Aisha Lofters, Jean-Yves Masson, Nicole Mittmann, Jean-Sébastien Paquette, Nora Pashayan, Rita Schmutzler, Tracy Stockley, Sean Tavtigian, Meghan Walker, Michael Wolfson, Anna Chiarelli, Jacques Simard. DOI 10.3390/jpm11060511

Modulating HSF1 levels impacts expression of the estrogen receptor α and antiestrogen response Life Science Alliance, 2021/05. Maruhen AD Silveira, Christophe Tav, Félix-Antoine Bérube-Simard, Tania Cuppens, Mickaël Leclercq, Éric Fournier, Maxime C Côté, Arnaud Droit, Steve Bilodeau. DOI 10.26508/lsa.202000811

Early-Life Exposure to Environmental Contaminants Perturbs the Sperm Epigenome and Induces Negative Pregnancy Outcomes for Three Generations via the Paternal Lineage Epigenomes, 2021/05. Maurice Clotilde, Mathieu Dalvai, Romain Lambrot, Astrid Deschênes, Marie-Pier Scott-Boyer, Serge McGraw, Donovan Chan, Nancy Côté, Ayelet Ziv-Gal, Jodi Flaws, Arnaud Droit, Jacquetta Trasler, Sarah Kimmins, Janice Bailey. DOI 10.3390/epigenomes5020010

ETumorMetastasis: A Network-based Algorithm Predicts Clinical Outcomes Using Whole-exome Sequencing Data of Cancer Patients Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2021/02. Jean-Sébastien Milanese, Chabane Tibiche, Naif Zaman, Jinfeng Zou, Pengyong Han, Zhigang Meng, Andre Nantel, Arnaud Droit, Edwin Wang. DOI 10.1016/j.gpb.2020.06.009

Interactions with plant pathogens influence lipopeptides production and antimicrobial activity of Bacillus subtilis strain PTB185 Biological Control, 2021. Cossus, L., Roux-Dalvai, F., Kelly, I., Nguyen, T.T.A., Antoun, H., Droit, A., Tweddell, R.J.. DOI 10.1016/j.biocontrol.2020.104497

Dairy product intake modifies gut microbiota composition among hyperinsulinemic individuals European Journal of Nutrition, 2021. Khorraminezhad, L., Leclercq, M., O’Connor, S., Julien, P., Weisnagel, S.J., Gagnon, C., Droit, A., Rudkowska, I.. DOI 10.1007/s00394-020-02226-z

Extensive and accurate benchmarking of DIA acquisition methods and software tools using a complex proteomic standard 2020/11/04. DOI 10.1101/2020.11.03.365585

Interpretation of network-based integration from multi-omics longitudinal data 2020/11/03. DOI 10.1101/2020.11.02.365593

LY75 Ablation Mediates Mesenchymal-Epithelial Transition (MET) in Epithelial Ovarian Cancer (EOC) Cells Associated with DNA Methylation Alterations and Suppression of the Wnt/β-Catenin Pathway International Journal of Molecular Sciences, 2020/03. Sadia Mehdi, Magdalena Bachvarova, Marie-Pier Scott-Boyer, Arnaud Droit, Dimcho Bachvarov. DOI 10.3390/ijms21051848

UGT2B17 modifies drug response in chronic lymphocytic leukaemia British Journal of Cancer, 2020. Allain, E.P., Rouleau, M., Vanura, K., Tremblay, S., Vaillancourt, J., Bat, V., Caron, P., Villeneuve, L., Labriet, A., Turcotte, V., Le, T., Shehata, M., Schnabl, S., Demirtas, D., Hubmann, R., Joly-Beauparlant, C., Droit, A., Jäger, U., Staber, P.B., Lévesque, E., Guillemette, C.. DOI 10.1038/s41416-020-0887-6

The Absence of HIF-1α Increases Susceptibility to Leishmania donovani Infection via Activation of BNIP3/mTOR/SREBP-1c Axis Cell Reports, 2020. Mesquita, I., Ferreira, C., Moreira, D., Kluck, G.E.G., Barbosa, A.M., Torrado, E., Dinis-Oliveira, R.J., Gonçalves, L.G., Beauparlant, C.-J., Droit, A., Berod, L., Sparwasser, T., Bodhale, N., Saha, B., Rodrigues, F., Cunha, C., Carvalho, A., Castro, A.G., Estaquier, J., Silvestre, R.. DOI 10.1016/j.celrep.2020.02.098

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Hedgehog signaling pathway regulates gene expression profile of epididymal principal cells through the primary cilium FASEB Journal, 2020. Girardet, L., Bernet, A., Calvo, E., Soulet, D., Joly-Beauparlant, C., Droit, A., Cyr, D.G., Belleannée, C.. DOI 10.1096/fj.202000328R

Glutamine supplementation improves the efficacy of miltefosine treatment for visceral leishmaniasis PLoS Neglected Tropical Diseases, 2020. Ferreira, C., Mesquita, I., Barbosa, A.M., Osório, N.S., Torrado, E., Beauparlant, C.-J., Droit, A., Cunha, C., Carvalho, A., Saha, B., Estaquier, J., Silvestre, R.. DOI 10.1371/journal.pntd.0008125

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