Répertoire du corps professoral

Regroupement Québécois de Recherche sur la Fonction, l’Ingénierie et les Applications des Protéines
Programme: Regroupements stratégiques NT
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université du Québec à Montréal - UQAM
Du 1 avril 2024 au31 mars 2030

Évolution expérimentale d'une transition moléculaire évolutive qui contribue à complexifier les réseaux cellulaires
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2024 au31 mars 2027

Régulation dynamique de la couronne fibreuse dans l'espace et le temps
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2024 au31 mars 2027

GT-PARCS Activité 4_Performance in public labs
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2022 au30 septembre 2026

GT-PARCS Activité 1_Resistance mutations and signatures
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes, Génome Québec, Génome Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2022 au30 septembre 2026

GT-PARCS Activité 3_Protocol from samples to DNA sequencing
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2022 au30 septembre 2026

GT-PARCS Activité 2_Analysis and prediction algorithm
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Canada, Génome Québec
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2022 au30 septembre 2026

GT-PARCS Genomics tools for the prediction of antigungal resistance in clinical samples
Programme: Programme de partenariats pour les applications de la génomique (PPAG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Génome Québec, Génome Canada, Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2022 au30 septembre 2026

Canadian training program on the evolution of fungal pathogens: EvoFunPath
Programme: Programme de formation orientée vers la nouveauté, la collaboration et l'expérience en recherche (FONCER)
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes, Wake Network Inc., Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Institut canadien de recherches avancées, Université de Toronto
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 septembre 2021 au31 août 2027

Chaire de recherche en biologie synthétique et des systèmes cellulaires
Programme: Chaires de recherche du Canada - Fonctionnement
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2020 au30 juin 2027

Quantifying the genomic sources of evolutionary innovations through integrative biology.
Programme: Subventions à la découverte SD (individuelles et d'équipe)
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Secrétariat Inter-Conseils (Canada) (CRSH, CRSNG, IRSC)
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2020 au31 mars 2025

A foundation grant for bridging the mutation and interactome landscapes of the eukaryotic cell
Programme: Subventions Fondation
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au30 juin 2025

Financements des 2 dernières années

Soutien séjour au Japon (Keio University et Okayama University)
Programme: Programme d'appui aux initiatives internationales
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 19 décembre 2023 au30 avril 2024

Evolution of fitness landscapes across a family of homologs
Programme: Projet subsidiaire d'un regroupement stratégique
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université du Québec à Montréal - UQAM
Du 1 avril 2023 au31 mars 2024

Functional and evolutionary characterization of the transcription factor ZNF768
Programme: Projet subsidiaire d'un regroupement stratégique
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université du Québec à Montréal - UQAM
Du 28 février 2023 au31 mars 2024

PEBAR: Platform for Evolutionary Biochemistry of Antimicrobial Resistance
Programme: Fonds des leaders John-R.-Evans (FLJR)
Organisme(s) subventionnaire(s): Ministère de l'Économie et de l'Innovation, Fondation Canadienne pour l'innovation (La)
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2023 au24 mai 2024

Using machine learning to explain the fitness landscape of an enzyme involved in antibiotic resistance
Programme: Bourse de recherche Mitacs Globalink
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 18 octobre 2022 au31 mai 2023

Valorisation du perméat de lait et de lactosérum par bioconversion fermentaire
Programme: Accélération Québec (MITACS et gouvernement provincial)
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2022 au28 février 2023

Exploration du paysage adaptatif complet d'une protéine de résistance aux antifongiques
Programme: Projet de recherche en équipe
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2021 au31 mars 2024

ALFRED: Advanced Laboratory for fungal resistance evolutionary dynamics
Programme: Fonds des leaders John-R.-Evans (FLJR)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La), Ministère de l'éducation et de l'enseignement supérieur
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 23 mars 2021 au29 septembre 2023

A forward systems biology approach to investigate the origins and fitness effects of de novo proteins
Organisme(s) subventionnaire(s): International Human Frontier Science Program Organization
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mai 2019 au31 juillet 2022

Can evolution minimize spurious signaling crosstalk to reach optimal performance?
Organisme(s) subventionnaire(s): International Human Frontier Science Program Organization
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 décembre 2018 au30 novembre 2023

Comprehensive dissection of functional dependencies in a model protein network to reveal the mechanisms of robustness and fragility
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au31 mars 2023

PROTEO, le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines (PROTEO)
Programme: Regroupements stratégiques NT
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2015 au31 mars 2023

Adarsh Jay, Doctorat en biochimie

Maria Del Mar Varela Vasquez, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Pascale Lemieux, Doctorat en biochimie

Camille Bédard, Doctorat en biochimie

Frédéric Bédard, Maîtrise en biologie - avec mémoire

Carla Bautista Rodriguez, Doctorat en biologie

Soham Dibyachintan Soham Dibyachintan, Doctorat en biochimie

François Rouleau, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

David Jordan, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

David Jordan, Doctorat en biochimie

David Bradley, Stage postdoctoral en biologie

Romain Durand, Stage postdoctoral en microbiologie

Carla Bautista Rodriguez, Maîtrise en biologie - avec mémoire

Angel Fernando Cisneros Caballero, Doctorat en biochimie

Soham Dibyachintan Soham Dibyachintan, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Florian Mattenberger, Stage postdoctoral en biologie

François Rouleau, Doctorat en biochimie

Simon Aubé, Doctorat en biochimie

Jordan Grenier, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Jessica Jann, Stage postdoctoral en biologie cellulaire et moléculaire

Encadrements terminés dans les 5 dernières années

Marika Drouin, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Pascale Lemieux, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Alicia Pageau, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Philippe Després, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Philippe Després, Doctorat en biochimie

Camille Bédard, Maîtrise en biologie - avec mémoire

Nicolas Malenfant, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Jonathan Marc Gérald Pierron, Maîtrise en microbiologie - avec mémoire

Emilie Margaret Marie Alexander, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Simon Aubé, Maîtrise en biochimie - avec mémoire

Mathieu Hénault, Doctorat en biochimie

Caroline Berger, Maîtrise en biologie - avec mémoire

Pauline Hessenauer, Doctorat en sciences forestières

Ugo Dionne, Doctorat en biologie cellulaire et moléculaire

Publications des 5 dernières années

The canadian fungal research network: Current challenges and future opportunities Canadian Journal of Microbiology, 2021. Horianopoulos, L.C., Gluck-Thaler, E., Gelber, I.B., Cowen, L.E., Geddes-Mcalister, J., Landry, C.R., Schwartz, I.S., Scott, J.A., Sellam, A., Sheppard, D.C., Spribille, T., Subramaniam, R., Walker, A.K., Harris, S.D., Shapiro, R.S., Gerstein, A.C.. DOI 10.1139/cjm-2020-0263

Expression attenuation as a mechanism of robustness against gene duplication Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021. Ascencio, D., Diss, G., Gagnon-Arsenault, I., Dubé, A.K., DeLuna, A., Landry, C.R.. DOI 10.1073/pnas.2014345118

Frequent Assembly of Chimeric Complexes in the Protein Interaction Network of an Interspecies Yeast Hybrid Molecular Biology and Evolution, 2020/11. Rohan Dandage, Caroline M Berger, Isabelle Gagnon-Arsenault, Kyung-Mee Moon, Richard Greg Stacey, Leonard J Foster, Christian R Landry. DOI 10.1093/molbev/msaa298

The genome sequence of the jean-talon strain, an archeological beer yeast from québec, reveals traces of adaptation to specific brewing conditions G3: Genes, Genomes, Genetics, 2020. Fijarczyk, A., Hénault, M., Marsit, S., Charron, G., Fischborn, T., Nicole-Labrie, L., Landry, C.R.. DOI 10.1534/g3.120.401149

The effect of hybridization on transposable element accumulation in an undomesticated fungal species eLife, 2020. Hénault, M., Marsit, S., Charron, G., Landry, C.R.. DOI 10.7554/ELIFE.60474

Speaker Biophysical Society, San Diego, 2020.

Speaker Département de biochimie, Université de Sherbrooke, 2020.

Speaker Department of biomedical and molecular sciences, Queens University, 2020.

Similarities in biological processes can be used to bridge ecology and molecular biology Evolutionary Applications, 2020. Hallin, J., Cisneros, A.F., Hénault, M., Fijarczyk, A., Dandage, R., Bautista, C., Landry, C.R.. DOI 10.1111/eva.12961

Purification of Yeast Spores to Investigate Their Dynamics of Activation Current Protocols in Microbiology, 2020. Plante, S., Landry, C.R.. DOI 10.1002/cpmc.123

Perturbing proteomes at single residue resolution using base editing Nature Communications, 2020. Després, P.C., Dubé, A.K., Seki, M., Yachie, N., Landry, C.R.. DOI 10.1038/s41467-020-15796-7

Interspecific hybrids show a reduced adaptive potential under DNA damaging conditions Evolutionary Applications, 2020. Bautista, C., Marsit, S., Landry, C.R.. DOI 10.1111/eva.13155

Hybridization and introgression drive genome evolution of Dutch elm disease pathogens Nature Ecology and Evolution, 2020. Hessenauer, P., Fijarczyk, A., Martin, H., Prunier, J., Charron, G., Chapuis, J., Bernier, L., Tanguay, P., Hamelin, R.C., Landry, C.R.. DOI 10.1038/s41559-020-1133-6

Diverse perspectives on interdisciplinarity from Members of the College of the Royal Society of Canada Facets, 2020. Cooke, S.J., Nguyen, V.M., Anastakis, D., Scott, S.D., Turetskyd, M.R., Amirfazli, A., Hearn, A., Milton, C.E., Loewen, L., Smith, E.E., Norrisd, D.R., Lavoie, K.L., Aiken, A., Ansari, D., Antle, A.N., Babel, M., Bailey, J., Bernstein, D.M., Birnbaum, R., Bourassa, C., Calcagno, A., Campana, A., Chen, B., Collins, K., Connell, C.E., Denov, M., Dupont, B., George, E., Gregory-Eaves, I., High, S., Hill, J.M., Jackson, P.L., Jette, N., Jurdjevic, M., Kothari, A., Khairy, P., Lamoureux, S.A., Ladner, K., Landry, C.R., Légaré, F., Lehoux, N., Leuprecht, C., Lieverse, A.R., Luczak, A., Mallory, M.L., Manning, E., Mazalek, A., Murray, S.J., Newman, L.L., Oosterveld, V., Potvin, P., Reimer-Kirkham, S., Rowsell, J., Stacey, D., Tighe, S.L., Vocadlo, D.J., Wilson, A.E., Woolford, A.. DOI 10.1139/FACETS-2019-0044

Competition experiments in a soil microcosm reveal the impact of genetic and biotic factors on natural yeast populations ISME Journal, 2020. Bleuven, C., Nguyen, G.Q., Després, P.C., Filteau, M., Landry, C.R.. DOI 10.1038/s41396-020-0612-8

Closely related budding yeast species respond to different ecological signals for spore activation Yeast, 2020. Plante, S., Landry, C.R.. DOI 10.1002/yea.3538

BUBR1 Pseudokinase Domain Promotes Kinetochore PP2A-B56 Recruitment, Spindle Checkpoint Silencing, and Chromosome Alignment Cell Reports, 2020. Gama Braga, L., Cisneros, A.F., Mathieu, M.M., Clerc, M., Garcia, P., Lottin, B., Garand, C., Thebault, P., Landry, C.R., Elowe, S.. DOI 10.1016/j.celrep.2020.108397

Yeast Population Genomics Goes Wild: The Case of Saccharomyces paradoxus Population Genomics: Microorganisms, 2019.

Turnover of ribosome-associated transcripts from de novo ORFs produces gene-like characteristics available for de novo gene emergence in wild yeast populations Genome Research, 2019. Durand, É., Gagnon-Arsenault, I., Hallin, J., Hatin, I., Dubé, A.K., Nielly-Thibault, L., Namy, O., Landry, C.R.. DOI 10.1101/gr.239822.118

The role of structural pleiotropy and regulatory evolution in the retention of heteromers of paralogs eLife, 2019. Marchant, A., Cisneros, A.F., Dube, A.K., Gagnon-Arsenault, I., Ascendo, D., Jain, H., Aube, S., Eberlein, C., Evans-Yamamoto, D., Yachie, N., Landry, C.R.. DOI 10.7554/eLife.46754

The physical bases of cellular memory and adaptation McGill Bellairs Research Institute, 2019.

Spontaneous whole-genome duplication restores fertility in interspecific hybrids Nature Communications, 2019. Charron, G., Marsit, S., Hénault, M., Martin, H., Landry, C.R.. DOI 10.1038/s41467-019-12041-8

Speaker University of Helsinki, Finland, 2019.

Speaker University of Strasbourg, France, 2019.

Speaker Division of biological sciences, UC San Diego, 2019.

Speaker Department of biology and Center for Synthetic Biology, Concordia University, 2019.

Regulation plays a multifaceted role in the retention of gene duplicates PLoS Biology, 2019. Hallin, J., Landry, C.R.. DOI 10.1371/journal.pbio.3000519

Paralog dependency indirectly affects the robustness of human cells Molecular Systems Biology, 2019. Dandage, R., Landry, C.R.. DOI 10.15252/msb.20198871

Molecular pleiotropy contributes to the retention of heteromers of paralogs and slows down their functional divergence Cold Spring Harbour Network biology, 2019.

Hybridization is a recurrent evolutionary stimulus in wild yeast speciation Nature Communications, 2019. Eberlein, C., Hénault, M., Fijarczyk, A., Charron, G., Bouvier, M., Kohn, L.M., Anderson, J.B., Landry, C.R.. DOI 10.1038/s41467-019-08809-7

From Reading to Writing Genomes to Understand and Tame Evolution Canadian Forest Genetics, 2019.

Differences between the raw material and the products of de novo gene birth can result from mutational biases Genetics, 2019. Nielly-Thibault, L., Landry, C.R.. DOI 10.1534/genetics.119.302187

Beditor: A computational workflow for designing libraries of guide RNAs for CRISPR-mediated base editing Genetics, 2019. Dandage, R., Després, P.C., Yachie, N., Landry, C.R.. DOI 10.1534/genetics.119.302089

Author Correction: Hybridization is a recurrent evolutionary stimulus in wild yeast speciation (Nature Communications, (2019), 10, 1, (923), 10.1038/s41467-019-08809-7) Nature Communications, 2019. Eberlein, C., Hénault, M., Fijarczyk, A., Charron, G., Bouvier, M., Kohn, L.M., Anderson, J.B., Landry, C.R.. DOI 10.1038/s41467-019-09702-z

A collection of barcoded natural isolates of Saccharomyces paradoxus to study microbial evolutionary ecology MicrobiologyOpen, 2019. Bleuven, C., Dubé, A.K., Nguyen, G.Q., Gagnon-Arsenault, I., Martin, H., Landry, C.R.. DOI 10.1002/mbo3.773