Répertoire du corps professoral

PandemicStop-AI: for an accelerated response to pandemics
Programme: Fonds d'infrastructure de recherche en sciences biologiques (FIRSB)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La)
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Montréal
Du 1 mars 2024 au 31 mars 2028

PandemicStop-AI: for an accelerated response to pandemics
Programme: Fonds de recherche biomédical du Canada (FRBC)
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Montréal
Du 1 mars 2024 au 31 mars 2028

National Primate Center for Pandemic Preparedness (NPCPP)
Programme: Fonds d'infrastructure de recherche en sciences biologiques (FIRSB)
Organisme(s) subventionnaire(s): Fondation Canadienne pour l'innovation (La), Ministère de l'Économie et de l'Innovation et de l'énergie, Ministère de l'Enseignement supérieur
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 mars 2024 au 31 mars 2028

Development of an advanced multiplexed lab-on-a-chip system for highthroughput screening using organ-on-a-chip technology to support Al drug discovery
Programme: Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université de Montréal
Du 1 mars 2024 au 28 février 2025

Identification of innate immune pathways as targets for immunomodulatory therapy in herpes simplex virus encephalitis
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2023 au 30 septembre 2028

L'empreinte métabolomique plasmatique des produits laitiers: un reflet de leur consommation et une fenêtre sur leurs effets cardiométaboliques
Programme: Subvention à la recherche en nutrition
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc., Les producteurs laitiers du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2023 au 1 octobre 2025

Validation de la mesure d’expression génique unicellulaire à partir d’un échantillon de tissu hépatique chez des sujets avec une suspicion clinique de stéatose hépatique non-alcoolique.
Programme: Nouveaux Centres et Instituts de recherche - Subventions régulières
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 24 août 2022 au 31 mars 2025

Unravelling the impact of diet on cardiovascular health in heterozygous familial hypercholesterolemia: a metabolomic approach
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 octobre 2021 au 30 septembre 2025

Extreme zooming on intestinal permeability and the western-style diet: Unravelling the role of dietary antigens on the prevalence of cardiometabolic and mental health diseases in the North
Programme: Sentinelle Nord - Deuxième appel à projets majeurs
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 novembre 2020 au 31 décembre 2024

Ecogenomics of mining areas for sustainable Canadian North (GENOSCAN)
Programme: Sentinelle Nord - Deuxième appel à projets majeurs
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 novembre 2020 au 31 décembre 2024

Antimicrobial resistance genes in bioaerosols in Canadian arctic, rural, and urban environments: sources, profiles, transport and fate
Programme: Frontières de la découverte : Résistance aux antimicrobiens dans l'environnement
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 décembre 2019 au 30 novembre 2025

Observatoire international sur les impacts sociétaux de l'intelligence artificielle et du numérique
Programme: Appel à propositions : création d’un Observatoire international sur les impacts sociétaux de l’intelligence artificielle et du numérique
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Société et culture, Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2018 au 31 mars 2025

Chaire de recherche du Canada en Medical genomics
Programme: Chaires de recherche du Canada - Fonctionnement
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 janvier 2018 au 31 décembre 2024

Deciphering breast cancer HER2-negativity with regard to HER2-targeted therapy
Programme: Volet Projet: Concours pilotes
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2016 au 31 mars 2025

Financements des 2 dernières années

Développement d’algorithmes d’IA pour soutenir le développement de médicaments oncologiques
Programme: Accélération Québec (MITACS et gouvernement provincial)
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2024 au 31 août 2024

Exploration multi-omique des biopsies liquides pour dépister les porteurs de bactéries pathogènes et leurs résistances
Programme: BDR - Contributions
Organisme(s) subventionnaire(s): Université Laval - Fonds internes
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 24 avril 2023 au 23 avril 2024

Rôle des habitudes de vie sur le microbiote et la réponse clinique à l’immunothérapie en cancer de la vessie
Programme: Nouveaux Centres et Instituts de recherche - Subventions régulières
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 20 avril 2023 au 31 mars 2024

Validation des marqueurs cellulaires ChromaLive sur modèles d'organopuces
Programme: Accélération Québec (MITACS et gouvernement provincial)
Organisme(s) subventionnaire(s): MITACS Inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 12 décembre 2022 au 23 août 2023

Acides biliaires et maladies inflammatoires chroniques de l’intestin : et si la solution était dans l’assiette?
Programme: Nouveaux Centres et Instituts de recherche - Subventions régulières
Organisme(s) subventionnaire(s): Fonds de recherche du Québec - Santé
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 3 mars 2022 au 2 mars 2023

UVILUQ: l'utilisation des biopsie liquides pour le monitoring de l'état de santé des écosystèmes marins côtiers
Programme: Fonds d'excellence en recherche Apogée Canada
Organisme(s) subventionnaire(s): Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 juillet 2020 au 30 juin 2023

Déterminer la qualité de la polypharmacie chez les aînés : une approche basée sur l’intelligence artificielle
Programme: Subvention de fonctionnement : Projets de recherche concertée sur la santé (avec le CRSNG)
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2020 au 31 mars 2023

Développement d'une technologie de contrôle de la qualité des plantes en cours du procédé manufacturier de médicaments en utilisant la spectrométrie de masse à haut débit couplée à des approches en apprentissage automatique
Programme: Concours FOCUS
Organisme(s) subventionnaire(s): Consortium québécois sur la découverte du médicament, Medicago R & D inc.
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 19 mars 2020 au 31 mars 2023

Dissecting host-microbiome modifiers of type 2 diabetes risk - Objective 1.3
Programme: Subvention d'équipe : Initiative canadienne microbiome 2 : Équipes de recherche
Organisme(s) subventionnaire(s): Instituts de recherche en santé du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 novembre 2019 au 31 octobre 2024

Prédire l'évolution de l'hépatite C par la fédération de données et l'intelligence artificielle : enjeux éthiques, juridiques, sociaux et de vie privée
Programme: Subvention Projet
Organisme(s) subventionnaire(s): Conseil de recherches en sciences naturelles et génie Canada, Instituts de recherche en santé du Canada, Conseil de recherches en sciences humaines du Canada
Type de financement: Subvention
Établissement tête: Université Laval
Du 1 avril 2019 au 31 mars 2024

Encadrements terminés dans les 5 dernières années

Baptiste Bauvin, Doctorat en informatique

Francis Brière, Maîtrise en médecine moléculaire - avec mémoire

Jehane Abed, Doctorat en microbiologie-immunologie

Minja Velimirovic, Doctorat en médecine moléculaire

Elina Francovic-Fontaine, Maîtrise en médecine moléculaire - avec mémoire

Pier-Luc Plante, Doctorat en médecine moléculaire

Maxime Déraspe, Doctorat en médecine moléculaire

Publications des 5 dernières années

Phylogenomic insights into evolutionary trajectories of multidrug resistant S. pneumoniae CC271 over a period of 14 years in China. Genome medicine, 2023/07. Zeng Y, Song Y, Cui L, Wu Q, Wang C, Coelho AC, Zhang G, Wei D, Li C, Zhang J, Corbeil J, Li Y, Feng J. DOI 10.1186/s13073-023-01200-8

Characterization of vancomycin-resistance <i>vanD</i> gene clusters in the human intestinal microbiota by metagenomics and culture-enriched metagenomics. JAC-antimicrobial resistance, 2023/03. Brochu E, Huletsky A, Boudreau DK, Raymond F, Bérubé È, Ouameur AA, Frenette J, Boissinot M, Corbeil J, Bergeron MG. DOI 10.1093/jacamr/dlad026

Gut metagenome profile of the Nunavik Inuit youth is distinct from industrial and non-industrial counterparts. Communications biology, 2022/12. Abed JY, Godon T, Mehdaoui F, Plante PL, Boissinot M, Bergeron MG, Bélanger RE, Muckle G, Poliakova N, Ayotte P, Corbeil J, Rousseau E. DOI 10.1038/s42003-022-04372-y

MOT: a Multi-Omics Transformer for multiclass classification tumour types predictions 2022/11. Osseni MA, Tossou P, Laviolette F, Corbeil J. DOI 10.21203/rs.3.rs-1348696/v2

Symptomatology during previous SARS-CoV-2 infection and serostatus before vaccination influence the immunogenicity of BNT162b2 COVID-19 mRNA vaccine. Frontiers in immunology, 2022/10. Nantel S, Bourdin B, Adams K, Carbonneau J, Rabezanahary H, Hamelin MÈ, McCormack D, Savard P, Longtin Y, Cheng MP, De Serres G, Corbeil J, Gilca V, Decaluwe H. DOI 10.3389/fimmu.2022.930252

Large-scale analysis of circulating glutamate and adipose gene expression in relation to abdominal obesity. Amino acids, 2022/07. Maltais-Payette I, Vijay J, Simon MM, Corbeil J, Brière F, Grundberg E, Tchernof A. DOI 10.1007/s00726-022-03181-1

Antimicrobial Resistance in the Environment: Towards Elucidating the Roles of Bioaerosols in Transmission and Detection of Antibacterial Resistance Genes. Antibiotics (Basel, Switzerland), 2022/07. George PBL, Rossi F, St-Germain MW, Amato P, Badard T, Bergeron MG, Boissinot M, Charette SJ, Coleman BL, Corbeil J, Culley AI, Gaucher ML, Girard M, Duchaine C. DOI 10.3390/antibiotics11070974

Flexible protein database based on amino acid k-mers. Scientific reports, 2022/06. Déraspe M, Boisvert S, Laviolette F, Roy PH, Corbeil J. DOI 10.1038/s41598-022-12843-9

The REinfection in COVID-19 Estimation of Risk (RECOVER) study: Reinfection and serology dynamics in a cohort of Canadian healthcare workers. Influenza and other respiratory viruses, 2022/05. Racine É, Boivin G, Longtin Y, McCormack D, Decaluwe H, Savard P, Cheng MP, Hamelin MÈ, Carbonneau J, Tadount F, Adams K, Bourdin B, Nantel S, Quach-Thanh C. DOI 10.1111/irv.12997

Mendelian Randomization Analysis Identifies Blood Tyrosine Levels as a Biomarker of Non-Alcoholic Fatty Liver Disease. Metabolites, 2022/05. Gobeil É, Maltais-Payette I, Taba N, Brière F, Ghodsian N, Abner E, Bourgault J, Gagnon E, Manikpurage HD, Couture C, Mitchell PL, Mathieu P, Arsenault BJ. DOI 10.3390/metabo12050440

Single-cell transcriptomics of the ventral posterolateral nucleus-enriched thalamic regions from HSV-1-infected mice reveal a novel microglia/microglia-like transcriptional response. Journal of neuroinflammation, 2022/04. Uyar O, Dominguez JM, Bordeleau M, Lapeyre L, Ibáñez FG, Vallières L, Tremblay ME, Corbeil J, Boivin G. DOI 10.1186/s12974-022-02437-7

Optimization & Characterization of Interdigitated Electrodes for Microbial Growth Monitoring. Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference, 2021/11. Hosseini SN, Sarati Das P, Gagnon-Turcotte G, Bl-George P, Messaddeq Y, Corbeil J, Gosselin B. DOI 10.1109/embc46164.2021.9630056

Complete Genome Sequences of Klebsiella michiganensis and Citrobacter farmeri, KPC-2-Producers Serially Isolated from a Single Patient. Antibiotics (Basel, Switzerland), 2021/11. Abed JY, Déraspe M, Bérubé È, D'Iorio M, Dewar K, Boissinot M, Corbeil J, Bergeron MG, Roy PH. DOI 10.3390/antibiotics10111408

On the robustness of generalization of drug-drug interaction models. BMC bioinformatics, 2021/10. Kpanou R, Osseni MA, Tossou P, Laviolette F, Corbeil J. DOI 10.1186/s12859-021-04398-9

A novel bioluminescent herpes simplex virus 1 for in vivo monitoring of herpes simplex encephalitis. Scientific reports, 2021/09. Uyar O, Plante PL, Piret J, Venable MC, Carbonneau J, Corbeil J, Boivin G. DOI 10.1038/s41598-021-98047-z

Serratia marcescens SCH909 as reservoir and source of genetic elements related to wide dissemination of antimicrobial resistance mechanisms. FEMS microbiology letters, 2021/07. Gambino AS, Déraspe M, Álvarez VE, Quiroga MP, Corbeil J, Roy PH, Centrón D. DOI 10.1093/femsle/fnab086

Exploring polypharmacy with artificial intelligence: data analysis protocol. BMC medical informatics and decision making, 2021/07. Sirois C, Khoury R, Durand A, Deziel PL, Bukhtiyarova O, Chiu Y, Talbot D, Bureau A, Després P, Gagné C, Laviolette F, Savard AM, Corbeil J, Simard M. DOI 10.1186/s12911-021-01583-x

Streamlining CRISPR spacer-based bacterial host predictions to decipher the viral dark matter. Nucleic acids research, 2021/04. Dion MB, Plante PL, Zufferey E, Shah SA, Corbeil J, Moineau S. DOI 10.1093/nar/gkab133

Genomic diversity and CRISPR-Cas systems in the cyanobacterium Nostoc in the High Arctic. Environmental microbiology, 2021/04. Jungblut AD, Raymond F, Dion MB, Moineau S, Mohit V, Nguyen GQ, Déraspe M, Francovic-Fontaine É, Lovejoy C, Culley AI, Corbeil J, Vincent WF. DOI 10.1111/1462-2920.15481

Fast protein database as a service with kAAmer 2020/04/02. Maxime Déraspe, Sébastien Boisvert, François Laviolette, Paul H Roy, Jacques Corbeil. DOI 10.1101/2020.04.01.019984

The EcoChip 2: An Autonomous Sensor Platform for Multimodal Bio-environmental Monitoring of the Northern Habitat Proceedings of the Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBS, 2020. Das, P.S., Gagnon-Turcotte, G., Ouazaa, K., Bouzid, K., Hosseini, S.N., Bharucha, E., Tremblay, D., Moineau, S., Messaddeq, Y., Corbeil, J., Gosselin, B.. DOI 10.1109/EMBC44109.2020.9176335

Phenotypic and Genetic Characterization of the Cheese Ripening Yeast Geotrichum candidum Frontiers in Microbiology, 2020. Perkins, V., Vignola, S., Lessard, M.-H., Plante, P.-L., Corbeil, J., Dugat-Bony, E., Frenette, M., Labrie, S.. DOI 10.3389/fmicb.2020.00737

Machine learning analysis identifies genes differentiating triple negative breast cancers Scientific Reports, 2020. Kothari, C., Osseni, M.A., Agbo, L., Ouellette, G., Déraspe, M., Laviolette, F., Corbeil, J., Lambert, J.-P., Diorio, C., Durocher, F.. DOI 10.1038/s41598-020-67525-1

A lactococcal phage protein promotes viral propagation and alters the host proteomic response during infection Viruses, 2020. Lemay, M.-L., Maaß, S., Otto, A., Hamel, J., Plante, P.-L., Rousseau, G.M., Tremblay, D.M., Shi, R., Corbeil, J., Gagné, S.M., Becher, D., Moinea, S.. DOI 10.3390/v12080797

Mass spectra alignment using virtual lock-masses. Scientific reports, 2019/06. Brochu F, Plante PL, Drouin A, Gagnon D, Richard D, Durocher F, Diorio C, Marchand M, Corbeil J, Laviolette F. DOI 10.1038/s41598-019-44923-8

Criibacterium bergeronii gen. nov., sp. nov., a new member of the family Peptostreptococcaceae, isolated from human clinical samples. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 2019/06. Maheux AF, Boudreau DK, Abed JY, Bérubé È, Brodeur S, Bernard KA, Hashimi A, Ducrey É, Guay ÉF, Raymond F, Corbeil J, Domingo MC, Roy PH, Omar RF. DOI 10.1099/ijsem.0.004691

Predicting Ion Mobility Collision Cross-Sections Using a Deep Neural Network: DeepCCS. Analytical chemistry, 2019/04. Plante PL, Francovic-Fontaine É, May JC, McLean JA, Baker ES, Laviolette F, Marchand M, Corbeil J. DOI 10.1021/acs.analchem.8b05821

Culture-enriched human gut microbiomes reveal core and accessory resistance genes. Microbiome, 2019/04. Raymond F, Boissinot M, Ouameur AA, Déraspe M, Plante PL, Kpanou SR, Bérubé È, Huletsky A, Roy PH, Ouellette M, Bergeron MG, Corbeil J. DOI 10.1186/s40168-019-0669-7

2017 Outbreak of Ebola Virus Disease in Northern Democratic Republic of Congo. The Journal of infectious diseases, 2019/04. Nsio J, Kapetshi J, Makiala S, Raymond F, Tshapenda G, Boucher N, Corbeil J, Okitandjate A, Mbuyi G, Kiyele M, Mondonge V, Kikoo MJ, Van Herp M, Muyembe JT. DOI 10.1093/infdis/jiz107

Interpretable genotype-to-phenotype classifiers with performance guarantees Scientific Reports, 2019/03/11. Alexandre Drouin, Gaël Letarte, Frédéric Raymond, Mario Marchand, Jacques Corbeil, François Laviolette. DOI 10.1038/s41598-019-40561-2

Complete Genome Sequence of Escherichia coli Siphophage BRET. Microbiology resource announcements, 2019/01. Ngazoa-Kakou S, Shao Y, Rousseau GM, Addablah AA, Tremblay DM, Hutinet G, Lemire N, Plante PL, Corbeil J, Koudou A, Soro BK, Coulibaly DN, Aoussi S, Moineau S. DOI 10.1128/MRA.01644-18

Clostridium difficile: Investigating Transmission Patterns Between Infected and Colonized Patients Using Whole Genome Sequencing. Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America, 2019/01. Kong LY, Eyre DW, Corbeil J, Raymond F, Walker AS, Wilcox MH, Crook DW, Michaud S, Toye B, Frost E, Dendukuri N, Schiller I, Bourgault AM, Dascal A, Loo VG. DOI 10.1093/cid/ciy457